ب) بخش تخصصی:

از آنجا که مدرسه بقیه الله (عج) عهده دار ساماندهی فعالیت های علمی فضلای مستعد درس خارج فقه و اصول می باشد؛ به همین منظور در راستای تحقق هرچه بیشتر و مطلوب تر رهنمود های مقام معظم رهبری مد ظله العالی مبنی بر ارتقای سطح کیفی امر آموزش و پژوهش در حوزه های علمیه، این مدرسه اقدام به برگزاری گروههای مشاوره آموزشی - پژوهشی نموده است.

برنامه بخش تخصصی مدرسه در مقطع درس خارج، در 7 سال و 2سطح تنظیم شده است؛ اهداف هریک از این 2 سطح به اختصار عبارتنداز:

الف) سطح1 (مشاورات آموزشی سال اول) : فهم درس خارج، آشنایی با منابع فقهی و اصولی مورد مراجعه در درس خارج، آشنایی با نحوه کار فقهی و اصولی در درس خارج، یادگیری روش تقریر نویسی

ب) سطح2 (مشاورات آموزشی- پژوهشی) : کار میدانی فقهی و اصولی به این صورت که علاوه بر فهم درس خارج، تحقیق موضوع درس از سه منبع دیگر هم صورت گیرد.

در طول این 7 سال، یک دوره اصول و ابوابی از عبادات و معاملات فقه بصورت تحقیقی مورد بررسی و مداقّه قرار می گیرد.